Semasa pendudukan Jepun di Sarawak, orang Jepun melantik Lily sebagai pemimpin bahagian Melayu Kaum Ibu, sebuah persatuan wanita yang berbilang kaum. Pada Mac 1947, beliau dilantik sebagai ketua Bahagian Wanita Persatuan Kebangsaan Melayu Sarawak (PKMS), sebuah kumpulan terkemuka dalam Gerakan antipenyerahan. Lily meletak jawatannya sebagai pengetua Sekolah Perempuan Permaisuri pada tahun 1947 sebagai tanda protes terhadap penyerahan Sarawak kepada British tetapi beliau masih meneruskan usahanya sebagai pendidik dengan mendirikan sekolah baharu.

Ketika penentangan antipenyerahan berlangsung, banyak sekolah Melayu milik kerajaan ditutup. Hal ini telah menimbul kebimbangan serius kerana pelajar yang terganggu tidak mampu mendapat pendidikan. Empat sekolah di Kuching dan satu lagi di Sibu yang didirikan oleh guru-guru yang telah meletak jawatan sebagai tunjuk perasaan terhadap Surat Pekeliling No. 9/1946 (Circular No. 9). Untuk membantu anak-anak penjawat awam yang meletak jawatan kerana memboikot sekolah kerajaan, Lily membantu mendirikan sekolah agama untuk kanak-kanak perempuan dan wanita (sekolah rakyat) di bangunan Masjid Bintangor Haji Taha. Lily dan guru-guru yang telah meletak jawatan mereka mengajar di sekolah-sekolah ini tanpa gaji.

Dalam temu bualnya dengan The Straits Times Singapura pada 21 Julai 1947, Lily Eberwein menyatakan kebimbangannya terhadap implikasi gerakan antipenyerahan terhadap pendidikan Melayu. Dalam artikel berjudul "Education Standstill", Lily menyatakan bahawa protes terhadap pemberhentian telah memberi kesan yang serius terhadap pendidikan, yang boleh dikatakan telah berhenti. Beliau menekankan bahawa kedudukan pendidikan di Sarawak harus tetap menjadi perhatian masyarakat yang terbesar "selama kontroversi yang tidak bahagia ini berlanjutan", merujuk kepada pemberhentian sekolah. Beliau juga menyatakan, "Kami orang Melayu, bersama dengan kaum pribumi yang lain, akan berjuang dengan tujuan yang berterusan untuk memperbaiki kesalahan yang telah dilakukan kepada rakyat kita dalam kepupusan kebangsaan dan kemerdekaan kita". Dalam artikel itu, beliau dengan jelas menggelar dirinya sebagai anggota masyarakat Melayu dan merupakan penyumbang kemerdekaan negari Sarawak, pada masa yang sama beliau turut menyatakan kebimbangannya mengenai kesan perjuangan nasionalis terhadap pendidikan serta rakyat Sarawak. Dalam memoir Anthony Brooke, beliau dengan jelas menyedari betapa pentingnya peranan wanita dalam gerakan Anti-Cession. Beliau secara khusus menyoroti usaha Lily Eberwein, dengan menyatakan bahawa: "Dorongan baharu telah diberikan kepada gerakan ini kerana inisiatif Lily Eberwein, yang membentuk cabang wanita dalam gerakan tersebut. Hal ini mendapat sokongan daripada wanita daripada semua lapisan umur dari seluruh daerah. "